纯文本配置数据库为了满足各类客户的需要，IIS 提供各种管理功能和管理工具。管理员可以用 IIS 管理器、管理脚本或通过直接编辑 IIS 纯文本配置文件来配置运行 IIS 6.0 的服务器。管理员还可以远程管理 IIS 服务器和站点。
纯文本配置数据库配置数据库是大多数 IIS 配置值的存储库。重新设计的配置数据库大大缩短服务器的启动和关闭时间，还增强配置数据库的总体性能和可用性。本版本的 IIS 包括可手工或以编程方式编辑的纯文本 .XML 配置数据库配置文件。配置数据库存储在两个 .XML 格式的纯文本文件中：
因为 MetaBase.xml 和 MBSchema.xml 文件以纯文本形式存储，所以可使用任何纯文本编辑器读取它们。
存储配置数据库历史可快速恢复到早期版本的配置数据库，从而防止服务长时间中断。通过将每个版本的配置数据库文件复制到历史文件夹中，将自动跟踪到的对配置数据库进行的更改写入磁盘中。每个历史文件都用一个唯一的版本号标识，以后在恢复配置数据库的过程中可使用它们。公开了一组新的管理基本对象 (ABO)、WMI 和 ADSI 方法，它们允许用户以编程方式枚举和还原配置数据库的配置。
在 IIS 运行时编辑配置数据库文件可在 IIS 运行时直接编辑配置数据库文件，所做更改可直接应用于内存中的配置数据库。该功能也称作“运行时编辑”，因为 MetaBase.xml 是文本文件，所以可实现该功能。如果启用了运行时编辑功能，则可以使用常见的文本工具（如 Microsoft 的记事本）来完成直接编辑。
导入和导出站点和应用程序配置为了在任何节点级别的多个服务器之间传播站点和应用程序配置设置，IIS 支持两个管理基本对象 (ABO) 方法：Import() 和 Export()。使用这些方法，可将一个节点或整个树以及继承配置从任何级别的配置数据库导出到 XML 文件中，然后从 XML 文件中导入一个节点或整个树以及继承配置。另外，可用这些 ABO 方法对安全数据进行密码保护。
创建与服务器无关的配置数据库备份使用 ADSI
配置数据库的可靠性使用配置的备份/还原功能，可为配置数据库创建安全或不受保护的备份。管理员还可通过 IIS 管理器将配置数据库的副本还原到其他计算机。这些备份方法提供一种只还原配置数据库设置而不还原目录文件的方法。
IIS WMI 提供程序Windows Server 2003 产品家族具有 Windows Management Instrumentation (WMI)（一种可缩放的管理基础结构）作为一种改善环境中 Windows 服务器管理的方法。IIS WMI 提供程序提供的管理级别等价于 IIS ADSI 提供程序的功能，但同时支持可扩展架构。而且，使用 ADSI 开发的架构扩展导入到 IIS WMI 提供程序中，从而更好地利用 WMI。
FTP 用户隔离FTP 用户隔离是面向 Internet 服务提供商 (ISP) 和应用程序服务提供商的解决方案，这些提供商需要向其用户提供用于上载文件和 Web 内容的单独的 FTP 目录。FTP 用户隔离通过将用户限制在其各自的目录上，防止用户查看或改写其他用户的 Web 内容。因为用户的顶级目录作为 FTP 服务的根目录出现，所以用户不能再向上浏览目录树。在用户的特定站点内，用户仍能够创建、修改或删除文件和文件夹。
FrontPage 2000 Server ExtensionsFrontPage 2000 Server Extensions (FPSE) 提供用于扩展虚拟服务器的基于 Web 的管理和命令行管理。如果用 FPSE 扩展虚拟服务器，则可以使站点所有者能够用 FrontPage 编写站点并委派站点所有关系和管理凭据。
FPSE 2002 是对 FrontPage 2000 Server Extensions 的更新，其中包括新安全功能，如角色和权限以及用于监视服务器运行状况和网站的使用率的新功能。
命令行管理脚本命令行管理更便于高效执行管理任务。IIS 为下列任务提供脚本：
UTF-8 日志记录支持IIS 支持以 UTF-8 记录日志文件功能，该功能允许管理员用自己的本国语言（而非英语）记录他们的 URL 点击情况。该设置可在 Web 服务级别进行配置，它通知 HTTP 协议堆栈 (HTTP.sys) 写入日志文件的格式：UTF-8 或本地代码页。
IIS 包括各种帮助远程管理 IIS Web 服务器的工具。这些工具包括远程管理 (HTML) 工具、终端服务、类似 ADSI、WMI 的编程功能和一组新的命令行管理脚本。
IIS 远程管理 (HTML) 工具允许您使用 Web 浏览器通过 Internet 或通过 Intranet 远程管理 IIS。
终端服务是 Windows Server 2003 产品家族的一个功能，它允许您在个人计算机和其他计算机桌面上运行的终端和终端模拟器上运行 32 位 Windows 应用程序。这使您能够像在服务器控制台上那样远程管理 Windows 服务（如 IIS）。您可以从旧式 PC 或者甚至从具有兼容客户端软件的某些设备（如 UNIX 工作站）进行管理。但是，基于非 Windows 的客户端设备需要第三方附加软件。
IIS 的管理工具使用 Microsoft 管理控制台 (MMC)。MMC 托管有可由管理员用来管理其服务器的程序，如 IIS 管理器。可在运行 Windows Server 2003 家族的成员的计算机上，使用 IIS 管理器管理在 Windows 服务器产品上运行 IIS 的 Intranet 上的计算机。
可远程管理的证书对象使用脚本，可处理本地或远程计算机上的安全套接字层 (SSL) 证书。组件对象模型 (COM) 对象允许您执行添加、删除、备份和还原功能，它们会绕开 MMC 施加的约束。
有关详细信息，请参阅以编程方式管理服务器证书。