创建应用程序时，可以使用 IIS 管理器在网站中指定应用程序的开始位置目录（也称为应用程序根目录）。每个网站可以有多个应用程序。安装 IIS 时所创建的默认网站是应用程序的开始位置。网站开始位置目录下的每个文件和目录均被认为是应用程序的一部分直至找到另一个开始位置目录。因此可以使用目录边界来定义应用程序的范围。
要点 为了能够更好地防御恶意用户和攻击者，在默认情况下，没有将 IIS 安装到 Microsoft® Windows® Server 2003 家族的成员上。而且，在最初安装 IIS 时，该服务在高度安全和“锁定”模式下进行安装。默认情况下，IIS 只为静态内容提供服务 - 即，诸如 ASP、ASP.NET、在服务器端的包含文件、WebDAV 发布和 FrontPage® Server Extensions 之类的功能只有在启用后才可以使用。如果在安装 IIS 之后未启用该功能，则 IIS 返回 404 错误。您可以为动态内容提供服务，并通过 IIS 管理器中的 Web 服务扩展节点启用这些功能。同样，如果应用程序扩展未在 IIS 中进行映射，则 IIS 返回 404 错误。要映射扩展，请参阅设置应用程序映射。有关如何解决 404 错误（包括 404.2 和 404.3）、与 IIS 6.0 的新安装相关的问题或从以前版本的 IIS 进行升级的详细信息，请参阅疑难解答。
IIS 6.0 支持多种类型的应用程序及其配置选项。您可以创建应用程序，然后对其进行配置以获得最佳性能和调试功能；定义默认的脚本语言；启用缓存、缓冲区及父路径；以及将文件扩展名与程序类型相关联。也可以使用 IIS 管理器或配置数据库配置这些选项。
IIS 6.0 中可能影响到当前 Active Server Pages (ASP) 应用程序的一项重要更改是默认情况下没有为 ASP 应用程序启用父路径。有关如何启用父路径的信息，请参阅配置 ASP 应用程序。
IIS 6.0 以两种不同操作模式中的一种运行：工作进程隔离模式和 IIS 5.0 隔离模式。应用程序代码在隔离环境下运行，但不会像以前的 IIS 版本那样对性能造成负面影响。应用程序隔离是指按进程边界来隔离应用程序，以防不同的应用程序互相影响。对于这两种 IIS 隔离模式，应用程序隔离的配置方式有所不同。
默认情况下，全新安装 IIS 6.0 之后，IIS 以工作进程隔离模式运行。在工作进程隔离模式下，您可以将应用程序进程划分到不同的应用程序池中。同样，对于 ASP.NET 应用程序而言，应用程序配置通过 Web.config 或 Machine.config 文件进行定义。如果在工作进程隔离模式下运行，那么您必须通过 IIS 配置在 Machine.config 文件中定义的属性。